Старейший из сохранившихся каменных памятников Ярославской школы зодчества. Первый каменный храм в городском посаде. По преданию, церковь была заложена на крутом берегу Волги, в том месте, где к берегу волной прибило икону Николая Чудотворца. Предшествующие каменные постройки Ярославля были немногочисленны и строились на средства князей или властей Спасского монастыря. Заказчик Надеинского храма — купец Надея Светешников — не только заложил церковь, но и дал начало новой традиции. Жители города, сначала богатые купеческие династии, а затем и ремесленные слободы, строили великолепные каменные храмы, соревнуясь, чья приходская церковь будет больше, богаче, красивее. В названии Никольской церкви вошло второе, мирское имя государева гостя Епифания Светешникова — Надея (Надежда), который был одним из богатейших людей Русского царства.Является один из немногих храмов, сохранивших внутреннее убранство таким, каким было оно в XVII в. Роспись памятника в редкой для Ярославле монументальной манере была произведена в 1641 году лучшими ярославскими, костромскими и московскими мастерами. К XVIII веку относится барочный иконостас, выполненный по рисунку местного прихожанина Федора Волкова — родоначальника русского театра. В 1695 году храм был обновлен: пристроен южный придел, надстроена колокольня, расширены окна, позакомарное покрытие заменено (как и везде в Ярославле) четырехскатным.
